大多数以化合物的形式存在。细胞中的许多元素，如C、H、O、N、P以核酸、蛋白质、多糖等生物大分子（化合物）的形式存在的，而一些金属离子如Na、Ka、Mg等都是以离子的形式存在，以化合物存在的元素要远远多于以离子形式存在的元素。
最多的有机化合物是蛋白质，它是生命活动的主要承担者，它既可以是酶，催化生化反应；也可以构成细胞和生物体的结构；并且，也可作为运输载体，比如血红蛋白；有些蛋白起信息传递作用，如激素等；有些蛋白有免疫作用，如抗体等。
最多的无机化合物是水，水是细胞内的良好溶剂，并且许多生化反应也需要水的参与，水还可以为细胞提供液体环境，也可以运送营养物质和代谢废物。
细胞中的元素
①大量元素：C、H、O、N、P、S、K、Ca、Mg；
②微量元素：Fe、Mn、Zn、Cu、B、Mo等。(口诀:新铁臂童木猛)
