重叠：意思是同样的东西层层堆叠，部分相一致，叠加。交叉：指的是方向不同的几条线或条状物互相穿过。重叠：结合点不只一个。交叉：结合点只有一个。
重叠在超分子化学中是指芳香性分子的一类排列堆积形式。例如DNA中连续性碱基的堆积系统，或是某些具有两个非极性环的酵素，会以π轨道重叠的方式而堆积在一起。
超分子化学是化学的一门分支，专注于分子之间的非共价键结作用。相较于传统化学上所研究的共价键，超分子化学的研究对象是一些较弱且较具可恢复性的分子间作用，例如氢键、金属配位、π-π堆积、厌水性效应、范德华力以及重叠作用等。而超分子化学从这些研究中阐明了一些新概念，例如分子的自组装、折叠、分子识、主-客体化学等。在生物学领域中，借助了许多超分子化学领域研究方法及成果来了解生物系统的运作。
生物学上的重叠
DNA分子中的π重叠出现在相连的核苷酸之间，可加强分子结构的稳定性。核苷酸中的含氮碱基皆拥有芳香环。在DNA分子中，这些芳香环是以面对面的平行方式排列，使碱基之间得以发生芳香交互作用。在此交互作用中，双键中的π键会与另一个π键重叠。
