日本北部，温带季风气候；日本南部，亚热带季风气候。成因：海陆热力性质差异。日本是世界上降水量较多的地区。主要原因包括了日本海侧地区冬季的降雪；6月、7月（冲绳、奄美为5月、6月）间连绵不断的梅雨；以及夏季到秋季登陆或接近日本的台风。
日本境内河流流程短水能资源丰富，最长的信浓川长约367公里；最大的湖泊是琵琶湖，面积672.8平方千米。
日本海岸线全长33889公里。由于日本是一个岛国，因此其海岸线十分复杂。西部日本海一侧多悬崖峭壁，港口稀少，东部太平洋一侧多入海口，形成许多天然良港。
在东部太平洋一侧自南向北均被日本暖流（黑潮）环绕、东北部形成千岛寒流（亲潮），西部日本海一侧是对马暖流和里曼寒流。在寒流和暖流交汇处，鱼类资源丰富，成为天然渔场。
由于地处海洋的包围之中，终年温和湿润，冬无严寒，夏无酷暑。夏秋两季多台风，6月份多梅雨。1月平均气温北部-6℃，南部16℃；7月北部17℃，南部28℃。年降水量700毫米至3500毫米，最高达4000毫米以上。
