DNA主要分布于细胞核中，另外细胞质的线粒体和叶绿体中也有少量的DNA。RNA主要分布于细胞质中，细胞核的核仁中也有少量的RNA。DNA是脱氧核糖核酸，RNA是核糖核酸。
脱氧核糖核酸，缩写为DNA，是生物细胞内含有的四种生物大分子之一核酸的一种。DNA携带有合成RNA和蛋白质所必需的遗传信息，是生物体发育和正常运作必不可少的生物大分子。
核糖核酸，缩写为RNA，存在于生物细胞以及部分病毒、类病毒中的遗传信息载体。RNA由核糖核苷酸经磷酸二酯键缩合而成长链状分子。
由于DNA和RNA在化学组成与分子结构上存在一定的差别，因而对不同的染料有着不同的反应。所以，可以根据这一反应差异，来研究细胞中DNA与RNA的分布情况，DNA主要分布在细胞核中，RNA主要分布在细胞质中。
DNA和RNA两种核酸分子都是多聚体，但是它们的聚合程度有所不同。DNA聚合程度高，易于甲基绿结合;RNA聚合程度低易于吡罗红结合。所以当吡罗红与甲基绿混在一起作为染料时吡罗红与核仁、细胞质中的RNA选择性结合，从而显示红色;甲基绿与染色质中的DNA选择性结合，从而显示绿色。综上所述，RNA对吡罗红的亲和力大，被染成红色;DNA对甲基绿的亲和力大，被染成绿色。
